1.便检（最简单直接有效） 把便便直接放在载玻片上，盖上盖子，轻轻挤压肛门；或者取适量便便放入装有清水培养皿中和棉签一起浸泡，轻轻混合后，取浸透棉棒的尖端少许，放在载玻片上，加盖，在低倍镜下观察。如果观察到有球状结构，再作进一步处理。
2.血检 如果怀疑兔已感染球虫，但粪便检查未见虫体，则可采集少量血液，加清水稀释，取上清液涂在载玻片上，待干燥后，用生理盐水冲洗后压片，寻找球虫卵囊并计数。 还可采用染色剂染色后镜检等方法来检测虫体。 如果发现虫体，应作继续培养以确定虫株类型。
3.组织器官取材检查 对于疑为球虫病导致的腹泻病例，应及时采取小肠粘膜、肝脏和结肠等部位，用生理盐水漂洗除去粘液，滤纸吸干，称重。然后按细胞压片法取适量材料制片，在低倍镜下观察，找到虫体后即变换视角，观察虫体形态，并进行鉴别。 小肠组织还可用阿米巴结晶紫染色，高倍镜检查，查找异嗜性白细胞，以判断有无肠腔内细菌感染。 有寄生虫感染的兔要及时驱虫。常用的抗寄生虫药有阿苯达唑、左旋咪唑、甲硝唑等。
仲楚珺优质答主目前，在生产上检查球虫病主要靠临床症状和剖检病变，主要是对肠道内寄生虫的检查。检查时，要选择病兔或疑为病兔，将所要检查肠段切成数段，用手将肠内容物挤入盛有清水的玻璃皿中，用玻璃棒搅拌后，静置片刻，倒去上面的清水，重复几次，然后观察沉渣中有没有裂殖体或虫卵。裂殖体的检查也可以将肠道内容物涂片，染色镜检。
在一般情况下，小肠球虫病常引起急性死亡，检查不到裂殖体和虫卵，这也是导致此病不易确诊的原因。小肠球虫病的初步诊断主要根据流行病学、临场症状及病变来判定。如兔群中某个窝的幼兔突然大量死亡，死亡前无临床表现，剖检仅见小肠膨大，内容物呈黄色或灰白色，并有大量气体，肠黏膜和固有层见有数量不等的出血点或淤斑，即可作出诊断。最后确诊应依靠实验室检查。
在实验室检查时，要注意检查部位为十二指肠和空肠前段，检查方法是在肉眼观察肠内容物和肠壁有无出血的基础上，剪取1-2厘米长的肠段，在生理盐水中洗去其表面的黏液后，滴加龙胆紫溶液，再用眼科镊分别轻轻提起肠管的两端，然后用拇指和食指从该肠段的一端向另一端进行均匀用力的辗搓，将该肠段翻转几周以后将肠管内的组织裂糜液冲洗到盛生理盐水的试管中，沉淀后将上面的清液轻轻倒掉，取沉淀物涂片，置显微镜下检查有无裂殖体。有裂殖体者，即可确诊为小肠球虫病。
